Täysmehut eli tuoremehut ja smoothie­juomat pastöroidaan, jotta mikrobit eivät lisääntyisi säilytyksen aikana. Pastöroinnissa juoman lämpötila nostetaan vähintään 71–74 asteeseen yleensä alle puolen minuutin ajaksi. Juomia ei siis yleensä keitetä. Tein aihepiiristä kirjallisuushakuja. Karotenoidien, kuten A-vitamiinin esiasteen beetakaroteenin, pitoisuus näyttää vähenevän tyypillisessä pastöroinnissa noin 10–15 prosenttia. C-vitamiinin hävikki on vielä pienempi, jopa alle 5 prosenttia.

Marja- ja hedelmämehuissa on myös runsaasti polyfenoleita. Niistä voi hävitä myös noin 5–15 prosenttia. Tuoremehujen vitamiini- ja fytokemikaalihävikit ovat paströroinnissa varsin pieniä verrattuna esimerkiksi keittämiseen. Perinteisen Mehu­maija-mehustamisen aikana voi hävitä yli 50 prosenttia C-vitamiinista. Esimerkiksi mustaherukka­mehussa on jäljellä enää noin 10 prosenttia marjan C-vita­miinipitoisuudesta, sillä valtaosa C-vitamiinista jää marjamassaan tai häviää keittämisen aikana (martat.fi).

Joskus pastörointi voidaan tehdä kuumemmassa, esimerkiksi 85 asteen lämpötilassa. Tällöin C-vitamiinin hävikki voi olla 20–35 prosenttia. Kuluttaja ei yleensä voi tietää, missä lämpötilassa tuote on pastöroitu. Joka tapauksessa valtaosa eli yli 65 prosenttia vitamiineista ja terveellisistä fytokemikaaleista on tallella, kun käytetään tavanomaista, selvästi alle sadan asteen pastörointia.

Pastöroinnin tilalle on kehitelty vaihtoehtoisia menetelmiä. Olemassa on sähköön perustuva PEF-pastörointimentelmä (Pulsed Electric Fields), joka säästää vitamiineja ja fytokemikaaleja. Teoriassa pastöroinnin sijaan olisi mahdollista käyttää myös erittäin kovaan paineeseen perustuvaa HPP-tekniikkaa (High Pressure Processin), jossa elintarvikkeen mikrobien solurakenne hajotetaan korkeassa paineessa niin, että̈ ne tuhoutuvat.